ชื่อ “วัดแจ้ง” นี้ มีเรื่องสมเด็จฯ กรมพระยาดำรงราชานุภาพทูลสมเด็จฯ กรมพระยานริศรา นุวัตติวงศ์ไว้ว่า “หม่อมฉันเคยเห็นแผนที่เมืองธนบุรีที่ฝรั่งเศสทำเมื่อรัชกาลสมเด็จพระนารายณ์ ในแผนที่นั้นมีแต่วัดเลียบกับวัดแจ้ง เวลานั้นยังเป็นชานป้อมใหญ่ ซึ่งอยู่ราวโรงเรียนราชินี เพราะฉะนั้นวัดโพธิ์เป็นวัดสร้างเมื่อล่วงรัชกาลสมเด็จพระนารายณ์มาแล้ว เมื่อพระเจ้าตากสินมหาราชโปรดให้ย้ายราชธานีจากกรุงศรีอยุธยามาตั้ง ณ กรุงธนบุรี และได้ทรงสร้างพระราชวังใหม่ มีการขยายเขตพระราชฐาน เป็นเหตุให้วัดแจ้งตั้งอยู่กลาง พระราชวังจึงไม่โปรดให้มีพระสงฆ์จำพรรษา
นอกจากนั้นในช่วงเวลาที่กรุงธนบุรีเป็นราชธานี ถือกันว่าวัดแจ้งเป็นวัดคู่บ้าน คู่เมือง เนื่องจากเป็นวัดที่ประดิษฐานพระแก้วมรกตและพระบาง ซึ่งสมเด็จพระยามหากษัตริย์ศึก (พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช)ได้ไว้ในมณฑป และมีการสมโภชใหญ่ ๗ คืน ๗ วัน(ในปี พ.ศ. ๒๓๒๗ พระแก้วมรกตได้ย้ายมาประดิษฐาน ณ วัดพระศรีรัตนศาสดาราม ในพระบรมหาราชวัง ส่วนพระบางนั้นสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกได้โปรดพระราชทานคืนไปนครเวียงจันทร์)